Virüs, bakteri ve mantarlar insan ve hayvanlarda olduğu gibi bitkilerde de
hastalıklara neden
olurlar. Patojenik organizmalardan etkilenen bitkilerde uygun karşı mekanizmalar oluşur.
Patojen organizmalar stomalardan, gövdedeki yarıklardan ve ya çiziklerden bitki içine girerek enfeksiyon yaparlar.
Eğer bitki çok duyarlı, patojen de etkin ise ölüm görülür.
Yapraklarda sararma (Kloroz), lekelenme (nekroz), solma, kabuk bağlama, kök ve meyve çürükleri hastalıkların belirtileridir.
Hastalıklara karşı koruyucu dokulardaki kalınlaşmalarla fiziksel önlemler alınır.
Bunların yanında kimyasal önlemler de alınabilir.
Taninler, alkoloidler gibi kimyasallar mantar misellerinin gelişmesini önlemek için üretilirler.
Çoğu bitki epidermis tabasını mantarlara zehir etkisi yapan maddelerle güçlendirir.
Bazıları mantar misellerinin bitkiye girmeye çalıştığı bölgelerde hücre duvarlarını kalınlaştırarak ya da bu bölgedeki hücreleri öldürüp mantarın emici organını bir kapsül içerisine alarak önlem alırlar.