Atık maddelerle topraklar, yer altı ve yer üstü suları giderek daha fazla
kirlenmektedir.
Özellikle ağır metal kirliliği uzun süreli sorunlara neden olmaktadır.
Organizmalarda birikerek besin zincirinde yer almakta ve zararlarını yıllarca sürdürmektedirler.
Çinko, kurşun, nikel, kobalt, krom, bakır, mangan, kadmiyum, selenyum, arsenik ve alüminyum gibi belirli bir miktarı aştıklarında zehir etkisi yapan kirleticilerdir.
Bunların birçoğu belirli bir miktarda bitkiler için hayati öneme sahip olsalar da fazla miktarda bulunmaları birçok zarara yol açmaktadır.
Genellikle elektron aktarımında devreye girerek solunum ve fotosentez üzerine olumsuz etki yaparlar.
Hayati öneme sahip enzimleri inhibe ederek çalışmalarını engellerler.
Böylece bitkilerin enerji üretme ve kaliteli ürün oluşturma yetenekleri azaltılır.