Organik gübrelerin uygulanma zamanını gübrenin uygulanacağı toprağın bünyesi ile
gübrenin uygulanacağı bölgenin iklim şartları belirler.
Bu faktörler dikkate alındığında çiftlik gübrelerinin en ideal uygulanma mevsimlerinin ilkbahar ve sonbahar olduğu görülür.
Burada uygulamanın ilkbaharda mı yoksa sonbaharda mı yapılacağına yukarıda belirtildiği gibi iklim ve toprak faktörleri göz önünde bulundurularak karar verilir.
Tarlaya uygulanan organik gübrelerin pulluk ile gömülerek gübrenin değerinden meydana gelecek kayıpların önüne geçilir.
Gübrenin toprak altına gömüleceği derinlik toprak bünyesine bağlı olarak değişmektedir.
Genel bir uygulama şekli olarak çiftlik gübreleri hafif bünyeli topraklarda yüzeye serildikten sonra sürümle derine, ağır bünyeli topraklarda ise yüzeye serilip hafifçe yüzlek olarak karıştırılır.
Bitki ekildiğinde hazır besin bulabilmesi için organik gübreler ayrışma süreleri göz önünde tutularak ekimden önce verilmelidir. Gübreler sıcak ve nemli iklim şartlarında yetiştirilen bitkilerin ekiminden 4-6 hafta önce, serin koşullarda yetişen bitkilerden ise bir kaç ay önce toprağa uygulanmalıdır.
Toprağa katılacak organik gübre miktarının belirlenmesinde toprağın yapısı, organik madde miktarı, iklim faktörleri ve yetiştirilecek bitkinin çeşidi etkili olmaktadır.
Organik gübreler toprağa sağladığı bitki besin maddelerinden daha çok toprağın yapısına kazandırdığı özellikler bakımından daha önemli bir işleve sahiptir.
Toprağa uygulanan organik gübreler, topraklara sağladıkları organik maddeler ile toprakların geçirgenlik değerleri ve su tutma kapasitelerinin arttırılması ile diğer fiziksel özellikler üzerine olumlu etki yaparak toprakların bitki yetiştirmeye daha uygun bir yapı kazanmalarını sağlar.
Organik gübrelerle yapılan gübrelemelerde az ve sık olarak yapılan gübreleme uygulamalarının, çok miktarlarda ve uzun zaman aralıklarında yapılan gübreleme programlarından daha etkili olduğu çeşitli kaynaklarca ortaya konmuştur.
Az ve sık yapılan bu gübreleme programlarında eksik kalan bitki besin maddeleri ticari gübrelerce takviye edilmelidir.
Ayrıca unutulmamalıdır ki, ahır gübrelerinin kullanımına kadar geçen zamanda muhafaza şekli de kullanılması esnasında dikkat edilecek hususlar kadar önemlidir.