Tarımda kullanılan organik gübreler çok çeşitlilik arz etmektedir. Bu gübrelerin uygulanması ile genel dikkat edilmesi gereken hususları maddeler şeklinde sıralayacak olursak:
Uygulanacak olan organik gübrelerden azami faydanın sağlanabilmesi için C/N oranının 1/20 den küçük olmasına dikkat etmelidir.
Uygulanacak olan organik gübrelerin (özellikle çiftlik gübrelerinin) iyi yanmış olmaları gerekir,
Uygulama öncesi besin maddeleri miktarlarının bilinmesi ve uygulanacak miktarın besin maddesi içeriğine göre belirlenmesi gerekir,
Organik gübrelerin uygulamadan önce eğer bekletilecekse ortam şartlarından en az etkilenecek şekilde depolanmaları sağlanmalıdır,
Organik gübrelerden meydana gelebilecek besin maddesi kayıplarını asgaride tutabilmek amacıyla tarlaya uygulanan gübre açıkta bırakılmamalı, tarlaya getirilen gübre tarlaya uygulanır uygulanmaz pulluk ile toprak altına getirilmeli,
İyi olgunlaşmamış organik gübreler tarlaya uygulandıklarında bitkilere faydadan çok zarar verebilirler, çünkü çürüme toprakta devam ederken oluşan bakteriler topraktaki besin maddelerini kullanırlar,
Yeşil gübrelemede yeşil gübre bitkisinin sürülerek toprağın altına getirileceği zaman çok iyi ayarlanmalıdır. Eğer bitki gömüldükten sonra esas bitki ekimi yapılacaksa, gömülen bitkiye çürümesi için yeterli zaman bırakılmalıdır.
Uygulanacak olan organik gübrelerin sadece bir besin maddesi sağlamadığını, aynı zamanda toprak yapısını olumlu olarak etkileyen bir materyal olduğu unutulmamalı ve uygulamalarda bu özelliğe dikkat edilmelidir.